请教：国内经香港往返落地签第三国

和朋友打算十一去印尼，飞印尼的机票是在新航订的香港往返（加税HKD3300）；北京往返香港的机票是南航的A380（加税RMB2300）。其间，打算顺便在香港呆两天。各段国际机票都已经订好了，突然有个技术问题——不知道具体怎么出入境。我们行程如下：

北京——香港（不入境。直接转机走人）——雅加达（入境。呆6天左右）——香港（入境。呆2天左右）——北京。

护照情况：都有若干申根、发达国家签证史，不打算提前签印尼了，预备到雅加达落地签；
港澳通行证情况：都有有效期内1年往返多次的商务签。

我的疑问是：从北京和香港分别出、入境的时候，我们到底是用护照还是港澳通行证？

如果用护照，我理解出、入香港应该没有问题，只是看国内边检在护照没有签证的情况下放不放人了；

如果用港澳通行证从北京出境，是不是意味着从香港回北京入境的时候也必须用港澳通行证？这样的话，一来，我的护照上没有从印尼离境后入中国境的记录，这样OK吗？二来，我用通行证从北京机场出境以后过了将近1个星期才在香港有入境记录，这有没有问题？