哈基姆清真寺在公元990年由法蒂玛王朝第五任哈里发阿齐兹(al-‘Aziz，975～996在位)始建，1013年其子哈基姆(a1-Hakim，996～1021在位)执政时建成，并以其名命名。系法蒂玛王朝继爱资哈尔清真大寺之后所建的又一座清真大寺。
寺院面积约15960平方米，全部建筑俱以石料砌成，并以砖柱承重。礼拜大殿依照爱资哈尔大寺模式，有一用砖砌成的拱形圆顶，由殿内凹壁上面的一个八边形鼓状部件支撑，大殿左右建有厢殿陪衬。大寺靠前墙建有两座宣礼尖塔。这座圣堂的最大特征在于其若干宣礼塔——开罗塔林中最古老的“遗世”建筑；伊斯兰风格的正门也极具古埃及建筑特色。
