二尊院（にそんいん）是位在日本京都府京都市右京区嵯峨野的天台宗寺院。山号“小仓山”。正式名称是小仓山二尊教院华台寺。本尊释迦如来・阿弥陀如来、嵯峨天皇敕愿、开基（创立者）为圆仁。二尊院之名是因为本尊“发遣之释迦”和“来迎之阿弥陀”的两如来像。
进入总门，被称作“红叶之马场”的参道是有名的红叶名所。此外，境内有据传是百人一首藤原定家的时雨亭迹。
