山科本愿寺（やましなほんがんじ）是曾经位在京都府京都市山科区的净土真宗寺院。
现在，迹地建有净土真宗本愿寺派和真宗大谷派的山科别院，南殿迹是大谷派的光照寺，土垒迹是山科中央公园。2002年，南殿迹和土垒迹指定为国之史迹。
