祁连山的原始森林景区风光迷人，立夏之后，山林之中一片一望无际的绿色海洋。祁连山的原始森林区内，有15.7万公顷，200多万立方米的森林资源，是青海省较大的林区之一。这里有云杉、圆柏、杨树等林木以及鞭麻、黑刺、山柳等灌木。此外，祁连山的密林雪岭之中，还有许多游荡的鹿群或奔跑。
祁连山区农业主要限于东部的湟水和大通河中下游谷地及北坡的山麓地带，春麦、青稞、马铃薯、油菜、豌豆和瓜菜等，一年一熟。草场辽阔，宜于发展畜牧业，并有大片水源涵养林。有多种药用和其他经济植物，还有不少珍贵动物，如甘肃马鹿、蓝马鸡、血雉、林麝等。
北祁连山有菱铁－镜铁矿、赤铁－磁铁矿；祁连山东段有黄铁矿型铜矿；肃北和酒泉南山一带有黑钨矿石英脉和钨钼矿，是中国西部钨矿蕴藏丰富的地区之一。位于甘、青两省交界处的祁连山自然保护区，面积23万余公顷，1988年划为国家级自然保护区。
